هویت جنسیتی یک شخص، جنسیتی است که شخص از طریق آن با خودش به عنوان یک مرد یا زن پیوند شناختی و عاطفی می یابد. ممکن است شخص هویت جنسی، متضادی با جنسیت زیست شناختی داشته باشد، یعنی همان چیزی که خواست تغییر جنسیت نامیده می شود. بزرگسالان به طور کلی به جنسیت زیستی نوزاد، به صورت یک ویژگی تعیین کننده کاملا با اهمیت واکنش نشان می دهند. آنها می خواهند جنسیت زیستی نوزاد را بدانند و دیگران را از آن آگاه سازند و به سرعت برای او اسم پسر یا دختر در نظر بگیرند، لباس صورتی یا آبی به او بپوشانند، اتاق طفل را به سبک مردانه یا زنانه تزئین نمایند و شروع به فرایند انتخاب اسباب بازی های متناسب با جنس نوزاد، برای او می کنند. کودکان خردسال تا حدود ۲ سالگی معمولا از جنسیت زیستی و هویت جنسی خودشان آگاه نیستند و پس از این سن است که خودشان را به صورت دختر یا پسر می شناسند. هر چند به نظر می رسد این عناوین بیشتر بوسیله والدین یا بزرگترهای آنان بکار برده می شوند. کودکان خردسال فوق العاده خود مرکز هستند و فکر می کنند که هر چیزی از لحاظ فیزیکی، نگرشی و ادراکی مانند خودشان است. کودکان بین سنین چهار و هفت سالگی همخوانی جنسیتی را می آموزند و لذا معتقد می شوند که جنسیت هر فرد اسناد بنیادینی است که در طی زمان یکسان باقی می ماند و تحت تاثیر عوامل خارجی مانند اندازه مو یا سبک پوشش قرار نمی گیرد. هرگاه بین این نوع عوامل خارجی و هویت جنسی هماهنگی وجود نداشته باشد، موجب بروز پریشانی و نگرانی در کودکان می گردد. فروید معتقد بود که کودک از طریق همانندی با والد همجنس خودش به ادارک هویت جنسی نائل می شود، چون این همانندسازی راه حلی قابل قبول برای مشکلات ناشی از گرایش کودک به تصاحب والد ناهمجنس خودش را فراهم می سازد. به محض اینکه کودک خودش را با مردانگی یا زنانگی همانند ساخت، شروع به همانندی با آن دسته از نقش های سنتی والدین می کند که با جنسیت انتخاب شده او همخوان باشد. بنابراین کودکان با مشاهده والدین خود، جور شدن رفتاهای خاصی را با هر کدام از والدین می آموزند. در طی زمان ،کودک شروع به تعمیم این رفتارها به افراد دیگر می کند و بین رفتارهای خاص و جنسیت علیت برقرا می سازد. کودکان همچنین از اقدام به رفتار متناسب با جنسیت، حمایت و تایید بدست می آورند اما رفتارهای نامتناسب با جنسیت مورد تایید والدین قرار نمی گیرند.